医疗辅助队的任务大致可分为应急及常规两类。遇上天灾及紧急事故时，医疗辅助队会动员支援常规医疗卫生服务，包括把伤者分类、在灾场就地治疗伤者、运送伤者到医院，以及照料急症医院和疗养院的病人。

此外，穿着制服的队员曾受救护车当值训练及急救训练。他们会派往支援正规救护车服务及在公众活动中当值，提供急救服务。

动员医疗辅助队的请求，一般可向部队的高级行动及训练主任（行动组）提出。此外，亦可随时与属指挥职级的志愿队员直接联络，要求援助。医疗辅助队总部部分职员亦会带备手提电话随时接收及传达要求部队动员的信息。

悬挂八号风球或发生紧急事故期间，医疗辅助队会安排队员在总部控制室值勤。此时，消防处总部消防通讯中心和政府总部紧急事故统筹中心或会提出动员的请求。

应急任务

台风讯号八号或更高的风球悬挂后，医疗辅助队队员会到消防处救护站／救护局报到并设立急救站，为有需要的市民提供急救服务。医疗辅助队会在每个指定的救护站／救护局加派一队救护车人员，支援消防处的救护车服务。

香港一旦发生核电意外，医疗辅助队会协助执行紧急应变计划，派队员于监测中心及辐射检查站值勤，负责清除辐射的工作。

非紧急救护车载送服务

医疗辅助队有一支由六辆非紧急救护车组成的车队，负责提供这项服务 。 服务对象包括卫生署 、社会福利署及私家医院的病患者，时间是每天（包括星期日及公众假期）上午八时至下午六时。

物料及器具

医疗辅助队应急计划其中一环，是于各政府医院及诊所贮存应急物料，地点分别位于市区及郊外逾 30处，方便队员在执行应急任务时取用。贮存的物料种类齐全，包括急救用的普通绷带，以至手术室内甚为复杂的仪器，还有病人用的简单食具，以至可将一所学校改装成为急症医院的大型设备等。

常规任务

医疗辅助队亦会在平日为市民提供各类服务，包括在公众活动如百万行、烟花汇演举行期间，提供急救服务；于周末和公众假期派队员到郊野公园的急救站值勤。其他日常职务还包括公务员及其他大型机构的员工教授急救技巧和知识，学员修毕课程后可获本队颁发认可的急救证书。

目前，医疗辅助队队员正协助卫生署管理所有美沙酮诊所，工作包括行政、护理、会计、收费、配药及诊所内其他有关事务。

训练

医疗辅助队定期举办新队员训练课程让新加入队员学习基本急救技巧和认识医疗辅助队的要求从而成为合资格的急救员。完成基本训练课程后，他们须被派驻各分队接受深造训练，才可成为灾难医疗助理。

医疗辅助队亦为各队员提供一般的训练，包括伤者运送、护理、拯溺，以及到医院病房和急症室实习。此外，队员亦须接受领导才能、督导技巧及管理等训练。上述训练课程均着重培养队员服务社会的精神。

医疗辅助队透过举办跨部门研讨会及与国际灾难管理机构互相交流，为队员提供与灾难管理工作有关的特别训练。部分队员亦曾被派往海外修读有关机构举办的课程。

本队的综合训练大多在何文田、西湾河、荃湾、石硖尾的训练中心举行，而分队定期训练则在本港的学校举行。抢救训练课程是在医疗辅助队斩竹湾训练中心(海事)及荃湾营举行。