医疗辅助队于1950年成立，初期队员人数不多，只得2000人，但时至今日，已发展为一支拥有4,418名志愿人员的队伍。队员来自各行各业，其中有于公营部门工作或以私人身分执业的专业医疗人员，包括医生、护士、药剂师、配药员、放射技师及医疗辅助人员。根据法例规定，卫生署署长为医疗辅助队的当然总监。

医疗辅助队总部协助总监指挥整个部队，同时亦负责行动翼、训练及发展纵队、医疗及辅助医疗纵队与后勤及支援纵队的运作。